5.2.4 Einteilung der Peptide
- Oligopeptide < 10 Aminosäurebausteine (Di-, Tri-, Tetrapeptide usw.)
- Polypeptide zwischen 10 und 100 Aminosäurebausteine
- Proteine > 100 -Aminosäuren + biologische Funktion
5.2.5 Aminosäursequenz (Reihenfolge der AS)
Die Peptidsynthese wird schwierig, wenn man eine bestimmte Reihenfolge der AS erhalten möchte.
Beispiel: Dipeptid aus zwei Aminosäuren
Glycin: H₂N-CH₂-COOH abgekürzt Gly
Alanin: abgekürzt Ala
Es können entstehen:
a) Ala - Ala
b) Ala - Gly
c) Gly - Gly
d) Gly - Ala
5.2.5.1 Benennung
Systematischer Name: AS mit Carboxylgruppe geht in Peptidbindung ein ⇨ ~yl
Glycylalanin Gly-Ala
Alanylglycin Ala-Gly
5.2.5.2 Ermittlung der Aminosäuresequenz
Zur Bestimmung welche Aminosäuren sind enthalten:
- Vollständige Zerlegung durch saure Hydrolyse
- Chromatische Trennung (AS-analysator) → Art und Anzahl der AS
Bestimmung der AS-Sequenz
Verfahren N-Terminale AS (Bsp.: Edman-Abbau)
a) Aminogruppe reagiert mit Phenylisothiocyanat
b) AS kann abgespalten werden
c) Chromatographie
Teilchen haften an der Oberfläche eines Feststoffes (⇨ große Oberfläche gewünscht: Aktivkohle, Papier, Aluminiumoxid)
Wirkende Kräfte: vdW-Kräfte, DDW, H-Brücken, Ionenbindungen (exotherm)
Stationäre Phase: Feststoff
Mobile Phase: Lösung
Einige gelösten Stoffe bleiben mehr an der Oberfläche haften und werden dadurch zurückgehalten (Retention).
Weniger stark adsorbierte Stoffe werden mit der Flüssigkeit schneller mitgeschleppt.
⇨ Wandern, adsorbieren und lösen wiederholen sich vielfach.
Verfahren C-Terminale AS: Mit Hilfe eines Enzyms (Carboxypeptidase)
⇨ Lange Peptidketten: enzymatische Fragmentierung
Enzyme (Proteasen), die nur an ganz bestimmten Stellen Protein spalten.
Beispiele für solche Enzyme:
Trypsin: Spaltung von Peptidbindung deren Carbonylbindungen von Lysin oder Arginin stammen.
Chymotrypsin: Spaltung Carbonylbindung von Phenylalanin, Typtophan, Tyrosin
Pepsin: ….
⇨ Proteine durch parallele Fragmentierung mit Hilfe unterschiedlichen Enzymen⇨ Bruchstücke überlappen sich teilweise ⇨ Ermittlung aller Sequenzen.